Habitate
Suprafaţa Parcul Naţional Domogled-Valea Cernei este acoperită în proporție de circa 75% pădure. Dintre toate speciile care se întâlnesc aici Fagus sylvatica este predominant, restul speciilor fiind reprezentate de Picea abies, Abies alba, Ulmus montana, Acer pseudoplatanus, Fraxinus excelsior, Carpinus betulus, Populus tremula, Corylus avellana, Sorbus aucuparia, Euonymus europaeus.
Limita pădurii se află la 1800 m altitudine, de unde coborând întâlnim mai întâi pâlcuri de molid, brad şi fag, fagul şi molidul ajungând în raporturi de codominanţă aproape echivalente, apoi intrăm în pădurile de fag, succedate în partea inferioară a
bazinului Cernei, de pădurile de stejar.
Cea mai mare extindere o are însă subetajul pădurilor de fag, acestea fiindconstituite din Fagus sylvatica, F.s. var. Moesiaca, Fagus orientalis, Ulmus montana, Acer pseudoplatanus, iar datorită influenţelor climatului cu nuanţe mediteraneene în
componenţa pădurilor de fag, pe versanţii sudici se regăsesc Quercus petraea, Acer pseudoplatanus.
La altitudini de aproximativ 1800-1700 m unde predomină pajişti de ierburi pitice se întâlneşte Rhododendron kotschy – smîrdarul, care este o specie ocrotită, iar de la altitudini de 1500-1800 întâlnim şi Vaccinium myrtillus - afinul.
Sub înălţimile de 1800-1700 m se remarcă prezenţa jnepenişului care face trecerea spre etajul forestier. El este reprezentat de Pinus montana în partea de nord şi nord-vest a parcului şi de Juniperus nana în zona Arjana, culmea Munţiilor Mehedinţi şi în culmea Oslea Românească. Jnepenişul nu constituie masive compacte, ci formează tufărişuri cu suprafeţe reduse. În partea nordică a Munţilor Godeanu are o extindere mare, în schimb în partea sudică arealul de răspândire a jepilor este mult mai restrâns, dezvoltându-se în special pe versanţii nordici, uneori urcând până la 2000 m altitudine.
Habitatele acvatice din parcul naţional sunt reprezentate de râul Cerna, râul Motru, pâraie - afluenţi ai Cernei şi Motrului, lacurile de acumulare de pe cele două râuri - Iovanu, Prisaca pe Cerna şi Valea Mare pe Motru, acumulările glaciare temporare din Munţii Godeanu, bălţile şi iazurile existente în zona Cerna Sat.